Takeda telah hadir di Indonesia sejak tahun 1971 melalui PT. Takeda Indonesia (PTTI), perusahaan patungan (joint venture) dengan entitas lokal, dan menjadi perusahaan Takeda tertua ke-3 di luar Jepang. Pada tahun-tahun berikutnya Takeda melalui PTTI, telah menciptakan posisi pasar yang kuat dalam terapi perawatan primer dan manufaktur untuk produk OTC serta komersialisasi produk lokal dan impor.
Pada tahun 2022, badan hukum baru yang dimiliki sepenuhnya oleh, PT. Takeda Innovative Medicines (PTTIM) didirikan untuk memperkuat fokus pada vaksin dan portofolio Access to Medicines.
Saat ini PTTIM memiliki lebih dari 100 talenta terbaik di industri farmasi di Indonesia. PTTIM berkomitmen untuk mewujudkan tujuan Takeda dengan menciptakan Kesehatan yang Lebih Baik Bagi Masyarakat, dan Masa Depan Lebih Cerah untuk Dunia (Better Health for the People and Brighter Future in the World).